В чем дело, к сожалению, не подскажу. Но раз одна 380 работает нормально, может имеет смысл запустить одновременно два майнера. Один на две 390, второй на 380.
Про про эту ссылку не в курсе.
Для 290/290X -
https://litecointalk.org/index.php?topic=12830.0
http://www.overclock.net/t/1561904/mlu-bios-builds-for-290x
http://www.overclock.net/t/1564219/modded-r9-390x-bios-for-r9-290-290x-updated-02-16-2016
У меня с оптимизированными биосами при разгоне памяти хэшрейт не меняется, либо немного подрастает.
Во время майнинга Scrypt/ Scrypt-N так было и на 290/290X. Пока не появились спецбиосы для майнинга от The Stilt.